Title
Validacija nove mikroskopske metode u dijagnostici bakterijskih vaginoza primenom PCR i real-time PCR
Creator
Matić, Snežana, 1977-
Copyright date
2018
Object Links
Select license
Autorstvo-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-ND 3.0)
License description
Dozvoljavate umnožavanje, distribuciju i javno saopštavanje dela, bez promena, preoblikovanja ili upotrebe dela u svom delu, ako se navede ime autora na način odredjen od strane autora ili davaoca licence. Ova licenca dozvoljava komercijalnu upotrebu dela. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nd/3.0/rs/deed.sr_LATN Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nd/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Inventory ID
D-3236
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 25.12.2018.
Other responsibilities
mentor
Živanović, Aleksandar, 1963-
predsednik komisije
Ćupić, Maja, 1962-
član komisije
Dimitrijević, Aleksandra, 1970-
član komisije
Ljujić, Biljana.
Academic Expertise
Medicinske nauke
University
Univerzitet u Kragujevcu
Faculty
Fakultet medicinskih nauka
Alternative title
Validation of novel microscopic method in diagnosis ob bacterial vaginosis by PCR and realtime PCR
Publisher
Format
95 listova
Abstract (sr)
SAŽETAK
Uvod: Bakterijska vaginoza se smatra jednim od najčešćih poremećaja donjeg genitalnog trakta kod žena u reproduktivnom periodu. Karakteriše je „zamena“ dominantnih vrsta laktobacila mešanom florom anaerobnih i fakultativno anaerobnih bakterija. Pravi uzrok bakterijske vaginoze još uvek nije utvrđen, već se dijagnoza postavlja na osnovu kliničkih i mikroskopskih kriterijuma koji ne uzimaju u obzir specifičnu bakteriju, već prisustvo kliničkih znakova i prisustvo bakterija određenog morfotipa na preparatima vaginalnog razmaza.
Cilj: Ispitivanje slaganja nove modifikovane metode mikroskopiranja sa ostalim
kriterijumima (kliničkim i mikroskopskim), koji se već koriste u dijagnostici
bakterijskih vaginoza, kao i ispitivanje međusobnog slaganja svih kriterijuma sa rezultatima molekularne analize prisustva i količine bakterija najčešće udruženih sa „zdravim“ vaginalnim mikrobiomom (Lactobacillus spp) i bakterijskom vaginozom (Gardnerella vaginalis i Atopobium vaginae).
Materijal i metode: Studija je obuhvatila 120 trudnica, starosti od 18-40 godina.
Uzorci vaginalnih briseva su uzimani tokom redovnih kontrola trudnica kada su
klasifikovani na osnovu kliničkih i mikroskopskih kriterijuma po Amselu, Nadžentu, Ison/Haju, Klejsu i novoj modifikovanoj metodi mikroskopiranja. Zatim je sa preparata bojenih po Gramu izolovana DNK bakterija i određivano prisustvo i količina Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae i ukupnog vaginalnog mikrobioma metodama PCR i real-time PCR.
Rezultati: Ustanovili smo da postoji međusobno slaganje mikroskopskih metoda, a kliničke, mikroskopske metode i nova metoda mikroskopiranja su se slagale kada su intermedijerni nalazi interpretirani kao normalni. Rezultati PCR-a se nisu slagali sa rezultatima klasifikovanim po kliničkim i mikroskopskim kriterijumima. Sa druge strane, u uzorcima preparata vaginalnog sekreta bojenih po Gramu PCR-om su detektovani Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis i Atopobium vaginae, uz dominaciju Lactobacillus spr u normalnim nalazima, a Gardnerella vaginalis i Atopobium vaginae u nalazima bakterijske vaginoze, pri čemu je njihov odnos bio uravnotežen u intermedijernim nalazima. Ukupni vaginalni mikrobiom je korelirao sa rezultatima kvantitativne kategorizacije (prazan, umeren, pun) vaginalnih razmaza bojenih po Gramu,
klasifikovanih prema novoj modifikovanoj metodi mikroskopiranja, dok je relativni odnos Lactobacillus spp i svih ostalih bakterija opadao krećući se od „normalan pun“ ka „bakterijska vaginoza pun“, a trend relativnog odnosa G. vaginalis i A. vaginae obrnuto, je
rastao od „normalan pun“ ka „bakterijska vaginoza pun“.
Zaključak: Nova modifikovana metoda mikroskopiranja je pokazala slaganje sa
kliničkim i ostalim mikroskopskim metodama kao i kvantitativnim rezultatima
molekularne analize.
Abstract (en)
ABSTRACT
Introduction: Bacterial vaginosis is considered to be one of the most common disorders of lower genital tract in women in reproductive age. It has been characterized by “replacement” of dominant lactobacilli with anaerobs or facultative anaerobs. The real cause of bacterial vaginosis still remains unclear; nevertheless its diagnosis is based on presence of clinical signs and/or certain bacterial morhotypes in smears of vaginal swabs.
Aim: Assessment of agreement between novel modified microscopic method and other criteria (clinical and microscopic) already in use in diagnosis of bacterial vaginosis, as well as evaluation of agreement of aforementioned diagnostic criteria and results of molecular detection and quantification of most common bacteria related to normal results (Lactobacillus spp) and
bacterial vaginosis (Gardnerella vaginalis and Atopobium vaginae).
Material and methods: the study enrolled 120 pregnant women between 18 and 40 years of age. The vaginal swab specimens were taken during regular examinations, when they were classified according to clinical and microscopic criteria: Amsel, Nugent, Ison/Hay, Claeys and novel modified microscopic method. Further, bacterial DNA was isolated from Gram stained vaginal
smears preparations and detection and quantification of Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae and total vaginal microbiome were performed by PCR and realtime PCR.
Results: Mutual agreement between all microscopic methods has been found as well as agreement between clinical, microscopic methods and novel modified microscopic method when intermediary results interpreted as normal. There was no agreement between PCR results and results classified by clinical or other microscopic methods. In the other hand, Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis and Atopobium vaginae in Gram stained vaginal smears were detected by PCR, with domination of Lactobacillus spр in normal results, Gardnerella vaginalis and Atopobium vaginae in bacterial vaginosis, and balanced presence of both bacteria in intermediary results. Total vaginal microbiome correlated with results of quantitative categorization of Gram stained vaginal smears according to novel modified microscopic method (empty, mid, full),
while for relative ratio of Lactobacillus spp and all other bacteria, going from “normal full” towards “bacterial vaginosis full”, decreasing trend has been observed. Inversely, the relative ratio of G. vaginalis and A. vaginae, going from “normal full” towards “bacterial full” had increasing trend.
Conclusion: Agreement between novel modified microscopic method, clinical criteria and other microscopic methods has been observed as well as agreement between novel modified microscopic method and results of quantitative molecular analysis.
Authors Key words
bakterijska vaginoza, Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis, Atopobium
vaginae, PCR, real-time PCR.
Authors Key words
bacterial vaginosis, Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae,
PCR, real-time PCR
Classification
618.15-008.8-022.7:579.8
Type
Tekst
Abstract (sr)
SAŽETAK
Uvod: Bakterijska vaginoza se smatra jednim od najčešćih poremećaja donjeg genitalnog trakta kod žena u reproduktivnom periodu. Karakteriše je „zamena“ dominantnih vrsta laktobacila mešanom florom anaerobnih i fakultativno anaerobnih bakterija. Pravi uzrok bakterijske vaginoze još uvek nije utvrđen, već se dijagnoza postavlja na osnovu kliničkih i mikroskopskih kriterijuma koji ne uzimaju u obzir specifičnu bakteriju, već prisustvo kliničkih znakova i prisustvo bakterija određenog morfotipa na preparatima vaginalnog razmaza.
Cilj: Ispitivanje slaganja nove modifikovane metode mikroskopiranja sa ostalim
kriterijumima (kliničkim i mikroskopskim), koji se već koriste u dijagnostici
bakterijskih vaginoza, kao i ispitivanje međusobnog slaganja svih kriterijuma sa rezultatima molekularne analize prisustva i količine bakterija najčešće udruženih sa „zdravim“ vaginalnim mikrobiomom (Lactobacillus spp) i bakterijskom vaginozom (Gardnerella vaginalis i Atopobium vaginae).
Materijal i metode: Studija je obuhvatila 120 trudnica, starosti od 18-40 godina.
Uzorci vaginalnih briseva su uzimani tokom redovnih kontrola trudnica kada su
klasifikovani na osnovu kliničkih i mikroskopskih kriterijuma po Amselu, Nadžentu, Ison/Haju, Klejsu i novoj modifikovanoj metodi mikroskopiranja. Zatim je sa preparata bojenih po Gramu izolovana DNK bakterija i određivano prisustvo i količina Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae i ukupnog vaginalnog mikrobioma metodama PCR i real-time PCR.
Rezultati: Ustanovili smo da postoji međusobno slaganje mikroskopskih metoda, a kliničke, mikroskopske metode i nova metoda mikroskopiranja su se slagale kada su intermedijerni nalazi interpretirani kao normalni. Rezultati PCR-a se nisu slagali sa rezultatima klasifikovanim po kliničkim i mikroskopskim kriterijumima. Sa druge strane, u uzorcima preparata vaginalnog sekreta bojenih po Gramu PCR-om su detektovani Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis i Atopobium vaginae, uz dominaciju Lactobacillus spr u normalnim nalazima, a Gardnerella vaginalis i Atopobium vaginae u nalazima bakterijske vaginoze, pri čemu je njihov odnos bio uravnotežen u intermedijernim nalazima. Ukupni vaginalni mikrobiom je korelirao sa rezultatima kvantitativne kategorizacije (prazan, umeren, pun) vaginalnih razmaza bojenih po Gramu,
klasifikovanih prema novoj modifikovanoj metodi mikroskopiranja, dok je relativni odnos Lactobacillus spp i svih ostalih bakterija opadao krećući se od „normalan pun“ ka „bakterijska vaginoza pun“, a trend relativnog odnosa G. vaginalis i A. vaginae obrnuto, je
rastao od „normalan pun“ ka „bakterijska vaginoza pun“.
Zaključak: Nova modifikovana metoda mikroskopiranja je pokazala slaganje sa
kliničkim i ostalim mikroskopskim metodama kao i kvantitativnim rezultatima
molekularne analize.
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.